Tổ chức trả thu nhập đã khấu trừ thuế thu nhập cá nhân thì có trách nhiệm cấp chứng từ khấu trừ cho người có thu nhập khi họ cần — nhất là khi họ tự quyết toán thuế năm, có thu nhập từ nhiều nơi hoặc xin hoàn phần nộp thừa. Hiện nay chứng từ này chủ yếu được lập dưới dạng điện tử theo quy định về hoá đơn, chứng từ điện tử, và gửi cho người lao động qua thư điện tử hoặc hệ thống của doanh nghiệp.
Từ 1/7/2026, khung pháp lý về hoá đơn, chứng từ điện tử là Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC, thay cho bộ văn bản trước đó (Nghị định 123/2020/NĐ-CP, đã sửa bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP). Thủ tục, định dạng, thời điểm lập cụ thể tra ở văn bản mới. Bài này tập trung vào việc tổ chức cần làm để người lao động có chứng từ đúng lúc, và những lỗi làm họ không quyết toán được.
Chứng từ khấu trừ dùng để làm gì
Với người lao động, chứng từ khấu trừ là bằng chứng rằng một phần thu nhập của họ đã bị trừ thuế và tổ chức đã nộp thay. Họ cần nó trong các trường hợp:
- Tự quyết toán thuế thu nhập cá nhân vì có thu nhập từ hai nơi trở lên, hoặc chuyển việc giữa năm.
- Xin hoàn phần thuế đã bị khấu trừ nhiều hơn số phải nộp, ví dụ người bị khấu trừ 10% nhưng thu nhập cả năm thấp.
- Chứng minh thu nhập và nghĩa vụ thuế với bên thứ ba khi cần.
Với tổ chức, chứng từ khấu trừ là một phần của hồ sơ chứng minh đã làm đúng nghĩa vụ khấu trừ. Khi người lao động phản ánh thu nhập bị kê sai, chứng từ đã cấp là căn cứ đầu tiên để đối chiếu.
Khi nào phải cấp, cấp cho ai
Nguyên tắc lâu nay:
| Trường hợp | Cách cấp thường gặp |
|---|---|
| Người không ký hợp đồng lao động hoặc hợp đồng dưới 3 tháng, bị khấu trừ 10% | Cấp cho mỗi lần khấu trừ, hoặc một chứng từ cho nhiều lần trong năm |
| Người ký hợp đồng lao động từ 3 tháng trở lên, tự quyết toán | Cấp một chứng từ cho cả năm tính thuế khi có yêu cầu |
| Người ký hợp đồng lao động từ 3 tháng trở lên, uỷ quyền cho tổ chức quyết toán | Theo quy định lâu nay, tổ chức không cấp chứng từ vì đã quyết toán thay |
| Người nghỉ việc giữa năm | Cấp để họ tự quyết toán hoặc nộp cho nơi làm mới nếu đủ điều kiện |
Cách cấp cụ thể và trường hợp ngoại lệ đối chiếu với Thông tư 87/2026/TT-BTC về thuế thu nhập cá nhân và văn bản về chứng từ điện tử đang hiệu lực. Khi có nghi ngờ, cấp chứng từ cho người lao động ít rủi ro hơn là không cấp.
Nội dung một chứng từ khấu trừ
Một chứng từ khấu trừ đầy đủ thường có các nhóm thông tin:
- Tổ chức trả thu nhập: tên, mã số thuế, địa chỉ.
- Người nhận thu nhập: họ tên, số định danh cá nhân (dùng thay mã số thuế cá nhân từ 1/7/2025), tình trạng cư trú.
- Khoản thu nhập: loại thu nhập, thời điểm hoặc kỳ trả (tháng, khoảng tháng), tổng thu nhập chịu thuế.
- Số thuế đã khấu trừ.
- Ký hiệu, số chứng từ, ngày lập, chữ ký số của tổ chức.
Sai số định danh là lỗi hay gặp nhất và cũng gây phiền nhiều nhất: người lao động nộp hồ sơ quyết toán không khớp dữ liệu, bị yêu cầu giải trình. Đối chiếu số định danh với dữ liệu nhân sự trước khi lập hàng loạt.
Quy trình mỗi mùa quyết toán
Một nhịp làm gọn cho phòng kế toán, nhân sự:
- Tháng 1: gửi thông báo cho người lao động chọn uỷ quyền quyết toán hay tự quyết toán; thu giấy uỷ quyền.
- Tháng 2 đến tháng 3: chốt số liệu thu nhập, thuế đã khấu trừ của từng người; nộp quyết toán của tổ chức trước ngày cuối cùng tháng thứ 3.
- Song song: lập chứng từ khấu trừ cho người tự quyết toán, người đã nghỉ việc, cộng tác viên có khấu trừ.
- Gửi và lưu nhật ký gửi: ai, ngày nào, qua kênh nào. Người lao động mất thư có thể gửi lại nhanh.
- Trước hạn cá nhân tự quyết toán (ngày cuối cùng tháng thứ 4): nhắc lại những người chưa xác nhận đã nhận chứng từ.
Với cộng tác viên, nên lập chứng từ ngay khi khấu trừ hoặc gom theo quý, không để tới cuối năm mới dựng lại từ sổ chi.
Không cần chờ người lao động hỏi mới cấp. Một thông báo ngắn kèm chứng từ, gửi đúng mùa quyết toán, tiết kiệm cho phòng nhân sự hàng chục cuộc gọi hỏi lại và giúp người lao động nộp hồ sơ sớm, tránh dồn vào những ngày cuối hạn.
Người lao động có thu nhập từ nhiều nơi
Đây là nhóm cần chứng từ khấu trừ nhất. Ví dụ giả định: một người làm chính ở công ty A, cuối tuần dạy thêm ở trung tâm B và bị khấu trừ 10% ở đó. Khi quyết toán, người này phải cộng thu nhập ở cả hai nơi, trừ gia cảnh một lần, tính thuế cả năm theo biểu luỹ tiến, rồi trừ đi số đã bị khấu trừ ở cả hai nơi.
Để làm được, họ cần chứng từ khấu trừ của cả hai tổ chức. Thiếu chứng từ của nơi nào thì phần thuế đã bị trừ ở nơi đó khó được tính vào, và người lao động có thể phải nộp thêm dù đã bị trừ đủ.
Với tổ chức, việc cần làm đơn giản: không nhận uỷ quyền quyết toán của người mà mình biết có thu nhập ở nơi khác thuộc diện phải tự quyết toán, và cấp chứng từ đầy đủ cho họ. Nhận uỷ quyền sai rồi quyết toán thay dẫn tới dữ liệu chồng chéo, người lao động phải đi giải trình.
Sai sót trên chứng từ đã cấp
Chứng từ điện tử đã lập có sai sót (sai số tiền, sai thông tin người nhận, sai kỳ) thì xử lý theo quy định về chứng từ điện tử: lập chứng từ thay thế hoặc điều chỉnh, và thông báo cho người nhận. Không tự sửa trên tệp đã gửi rồi gửi lại như tệp mới.
Nếu sai sót bắt nguồn từ số liệu kê khai (khai thiếu, khai sai thu nhập của một người), phải xử lý cả phần tờ khai: khai bổ sung tờ khai khấu trừ hoặc quyết toán của tổ chức. Sửa chứng từ mà không sửa tờ khai thì dữ liệu của cơ quan thuế vẫn lệch với chứng từ người lao động cầm.
Tự kiểm tra ở đâu
- Tài khoản thuế điện tử của tổ chức: tờ khai khấu trừ các kỳ và quyết toán năm, để đối chiếu với chứng từ đã cấp.
- Hệ thống hoặc phần mềm lập chứng từ điện tử mà doanh nghiệp đang dùng: danh sách chứng từ đã lập, trạng thái gửi.
- Ứng dụng thuế trên điện thoại và tài khoản thuế điện tử của cá nhân: người lao động tự xem thu nhập, số thuế đã được kê khai cho mình. Nên hướng dẫn họ tự kiểm tra và báo lại khi thấy lệch.
Câu hỏi thường gặp
Người lao động uỷ quyền quyết toán rồi còn xin chứng từ được không?
Theo quy định lâu nay, khi đã uỷ quyền thì tổ chức quyết toán thay và không cấp chứng từ khấu trừ. Nếu người lao động phát hiện có thu nhập khác và phải tự quyết toán, họ nên báo sớm để tổ chức không quyết toán thay và cấp chứng từ.
Tổ chức không khấu trừ đồng nào thì có phải cấp chứng từ không?
Chứng từ khấu trừ gắn với số thuế đã khấu trừ. Khi không khấu trừ, người lao động thường không cần chứng từ để quyết toán, nhưng có thể cần xác nhận thu nhập. Cách xử lý đối chiếu văn bản hướng dẫn hiện hành.
Chứng từ điện tử có cần in ra ký tay không?
Chứng từ điện tử có giá trị khi được lập, ký số và gửi theo quy định. Người lao động dùng bản điện tử để nộp hồ sơ quyết toán điện tử. In ra chỉ để tiện xem, không làm thay đổi giá trị.
Người lao động đã nghỉ việc và không liên lạc được thì sao?
Vẫn lập chứng từ và gửi tới địa chỉ thư điện tử đã biết, lưu nhật ký gửi. Nếu người đó quay lại yêu cầu, tổ chức gửi lại. Việc không liên lạc được không làm mất nghĩa vụ kê khai, quyết toán của tổ chức.
Có thể dùng mẫu chứng từ giấy cũ còn tồn không?
Từ khi chuyển sang chứng từ điện tử, việc dùng chứng từ giấy chỉ còn trong những trường hợp văn bản cho phép. Kiểm tra quy định chuyển tiếp trong văn bản hoá đơn, chứng từ hiện hành trước khi dùng tiếp.
Chứng từ khấu trừ phải lưu trong bao lâu?
Chứng từ khấu trừ là chứng từ kế toán, thuế của tổ chức, nên lưu theo thời hạn lưu trữ chứng từ kế toán — ít nhất 10 năm với chứng từ dùng trực tiếp ghi sổ theo Luật Kế toán. Lưu cả nhật ký gửi để chứng minh đã cấp cho người lao động.
Doanh nghiệp dùng dịch vụ kế toán bên ngoài thì ai lập chứng từ?
Nghĩa vụ vẫn thuộc tổ chức trả thu nhập. Đơn vị dịch vụ có thể lập thay theo hợp đồng, nhưng chứng từ phải mang thông tin và chữ ký số của tổ chức trả thu nhập. Nên ghi rõ việc này trong hợp đồng dịch vụ.
