Thuế giá trị gia tăng đầu vào được kê khai, khấu trừ theo kỳ phát sinh hoá đơn, không theo kỳ công trình nghiệm thu hay kỳ xuất hoá đơn đầu ra. Công ty xây dựng nhận hoá đơn thép tháng 3 thì kê vào tờ khai của tháng hoặc quý có tháng 3, dù công trình tới cuối năm mới bàn giao. Phần đầu vào lớn hơn đầu ra trong các kỳ đó được chuyển sang kỳ sau.
Cách “để dành hoá đơn tới lúc nghiệm thu” nghe có vẻ gọn vì đầu vào đầu ra cùng một kỳ, nhưng thực tế nó tạo ra nhiều rủi ro hơn là tiện lợi: dễ sót hoá đơn, dễ lệch với dữ liệu trên cổng hoá đơn, và khi phải khai bổ sung thì vướng mốc thời gian. Bài này so sánh hai cách bằng một công trình giả định.
Vì sao nhiều công ty muốn đợi nghiệm thu mới kê khai
Lý do thường nghe từ chủ công ty và kế toán công trình:
- Muốn tờ khai “đẹp”: kỳ nào cũng có thuế phải nộp nhỏ, không có kỳ đầu vào tăng vọt.
- Sợ số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau lớn thì bị chú ý, bị kiểm tra.
- Hồ sơ từ công trường về văn phòng chậm, kế toán không kịp nhập theo tháng nên dồn luôn tới cuối.
- Muốn gắn hoá đơn vật tư với đúng công trình để tính giá thành một lần.
Lý do cuối cùng là việc của sổ giá thành, không phải của tờ khai thuế GTGT. Có thể vừa kê khai đầu vào đúng kỳ, vừa tập hợp chi phí theo công trình trên tài khoản chi phí dở dang. Hai việc này không mâu thuẫn nhau.
Ví dụ giả định: một công trình chín tháng
Giả sử một công ty xây dựng nhận thi công nhà xưởng, giá trị hợp đồng 5 tỷ đồng chưa thuế, thuế suất 10%, thi công từ quý 1 tới quý 3, nghiệm thu và xuất hoá đơn một lần cuối quý 3. Vật tư, thầu phụ, thuê máy có hoá đơn tổng cộng 3,6 tỷ đồng chưa thuế, thuế đầu vào 360 triệu đồng, phát sinh đều ba quý.
| Quý | Kê khai ngay khi nhận hoá đơn | Dồn tới quý nghiệm thu |
|---|---|---|
| Quý 1 | Đầu vào 120 triệu, đầu ra 0 → chuyển kỳ sau 120 triệu | Không kê khai hoá đơn công trình |
| Quý 2 | Đầu vào 120 triệu → luỹ kế chuyển kỳ sau 240 triệu | Không kê khai hoá đơn công trình |
| Quý 3 | Đầu ra 500 triệu, đầu vào 120 triệu, trừ 240 triệu chuyển sang → phải nộp 140 triệu | Đầu ra 500 triệu, đầu vào 360 triệu → phải nộp 140 triệu |
Số phải nộp cuối cùng bằng nhau. Cách dồn không tiết kiệm được đồng nào. Cái khác nằm ở chỗ ba quý tờ khai của cách dồn không khớp với dữ liệu hoá đơn đầu vào mà cơ quan thuế đã có trên hệ thống.
Rủi ro thật của cách dồn hoá đơn
Lệch dữ liệu. Hoá đơn điện tử người bán lập đã nằm trên hệ thống ngay hôm lập. Tờ khai quý 1 và quý 2 không có các hoá đơn đó tạo ra khoảng lệch mà hệ thống quản lý rủi ro dễ nhận ra, đúng điều công ty muốn tránh.
Đứt hạn khai bổ sung. Hoá đơn không kê ở kỳ phát sinh thì phải khai bổ sung cho đúng kỳ đó. Nguyên tắc chung là được khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra. Nếu công trình kéo dài qua năm và công ty bị kiểm tra giữa chừng, phần chưa kê có thể mất quyền khấu trừ ở những kỳ đã nằm trong phạm vi kiểm tra.
Sót hoá đơn. Hoá đơn để ở công trường nhiều tháng thường thất lạc bản thể hiện, lẫn với hoá đơn của công trình khác. Tới lúc nghiệm thu, kế toán gom lại thì đã thiếu.
Chứng từ thanh toán đứt đoạn. Hoá đơn từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo Luật 48/2024/QH15. Để dồn nghĩa là việc ghép tiền với hoá đơn cũng dồn, trong khi nhà cung cấp vật tư đã đối chiếu công nợ theo từng tháng.
Số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau lớn: có đáng lo không
Công trình dài, hoá đơn đầu ra xuất một lần thì số thuế chuyển kỳ sau lớn là hệ quả tự nhiên, không phải dấu hiệu sai. Điều cần làm là để số đó giải thích được:
- Lập bảng theo dõi từng công trình: giá trị hợp đồng, tiến độ, hoá đơn đầu vào đã nhận, dự kiến kỳ xuất hoá đơn đầu ra.
- Nếu hợp đồng có các đợt nghiệm thu từng phần, xuất hoá đơn theo từng đợt nghiệm thu đúng như hợp đồng. Thời điểm lập hoá đơn với xây dựng là khi nghiệm thu, bàn giao từng phần hoặc toàn bộ, không phụ thuộc đã thu tiền hay chưa.
- Giữ biên bản nghiệm thu khối lượng, nhật ký công trình để đối chiếu vật tư đã về với khối lượng đã thi công.
Còn việc số chuyển kỳ sau lớn có nên đề nghị hoàn hay không là một quyết định riêng, phụ thuộc điều kiện hoàn thuế hiện hành và kế hoạch dòng tiền. Phần này nên tra văn bản đang hiệu lực và hỏi cơ quan thuế quản lý, không nên đoán theo kinh nghiệm cũ vì Luật 48/2024/QH15 đã đổi một số điều kiện.
Công trình ở tỉnh khác trụ sở: đầu vào kê ở đâu
Với công trình xây dựng ở tỉnh khác nơi đóng trụ sở, doanh nghiệp thường phải khai thuế GTGT theo tỷ lệ trên doanh thu công trình cho cơ quan thuế nơi có công trình, còn việc khấu trừ đầu vào vẫn thực hiện trên tờ khai tại trụ sở. Quy định chi tiết về khai thuế cho công trình ngoại tỉnh nằm trong văn bản hướng dẫn Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14, từ 1/7/2026 có thêm Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Điều đó càng cho thấy không nên dồn: hoá đơn đầu vào của công trình ngoại tỉnh vẫn phải vào tờ khai tại trụ sở theo kỳ phát sinh, còn tiền thuế nộp ở tỉnh có công trình được trừ lại theo cách hướng dẫn. Để dồn làm hai dòng số liệu này lệch nhau khó dò.
Quy trình gọn cho kế toán công trình
- Hằng tuần: chỉ huy trưởng gửi ảnh phiếu nhập vật tư và thông tin nhà cung cấp về văn phòng; kế toán tải hoá đơn trên cổng hoá đơn điện tử đối chiếu.
- Hằng tháng: nhập hoá đơn vào sổ, gắn mã công trình, kê khai đầu vào theo kỳ; ghép chứng từ chuyển khoản.
- Mỗi đợt nghiệm thu: lập hoá đơn đầu ra theo biên bản nghiệm thu, đối chiếu vật tư đã về với khối lượng nghiệm thu.
- Khi quyết toán công trình: kết chuyển chi phí dở dang sang giá vốn tương ứng với doanh thu, xử lý vật tư thừa nhập lại kho hoặc chuyển công trình khác có biên bản.
Các văn bản dẫn trên là hướng dẫn chung; cách ghi cụ thể cho từng loại hợp đồng xây dựng nên đối chiếu với văn bản hiện hành trước khi áp dụng.
Tự kiểm tra ở đâu
Mỗi tháng, đăng nhập cổng hoá đơn điện tử tải danh sách hoá đơn đầu vào theo khoảng ngày, so với danh sách đã kê khai. Hoá đơn có trên cổng mà chưa có trong tờ khai là việc phải làm ngay. Trên tài khoản thuế điện tử, xem lại các tờ khai đã nộp và số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau để đảm bảo số chuyển tiếp đúng giữa các kỳ. Nếu có công trình ngoại tỉnh, tra thêm nghĩa vụ đã nộp ở tỉnh đó. Chỗ nào chưa rõ thì mang bảng theo dõi công trình tới làm việc với cơ quan thuế quản lý.
Câu hỏi thường gặp
Đã lỡ dồn hoá đơn hai quý rồi, giờ làm gì?
Khai bổ sung tờ khai của đúng kỳ phát sinh các hoá đơn đó, càng sớm càng tốt và trước khi có quyết định kiểm tra. Từ kỳ này trở đi kê khai theo kỳ nhận hoá đơn.
Công trình bị huỷ giữa chừng thì thuế đầu vào đã khấu trừ có phải trả lại không?
Vật tư, dịch vụ đã mua để phục vụ hoạt động chịu thuế thì việc khấu trừ ban đầu vẫn đúng. Tuỳ cách xử lý phần dở dang (bán lại vật tư, chuyển sang công trình khác, tổn thất) mà có hệ quả thuế riêng; nên hỏi ý kiến người làm nghề cho từng tình huống.
Hoá đơn thầu phụ về sau khi đã xuất hoá đơn đầu ra có khấu trừ được không?
Được, kê khai ở kỳ nhận hoá đơn của thầu phụ nếu đủ điều kiện khấu trừ. Thời điểm hoá đơn đầu ra không ảnh hưởng tới việc kê khai đầu vào.
Tạm ứng cho nhà cung cấp vật tư đã có hoá đơn chưa?
Tạm ứng chưa giao hàng thì người bán thường chưa lập hoá đơn, trừ trường hợp quy định cho một số dịch vụ. Hoá đơn vật tư lập khi chuyển giao quyền sở hữu hàng hoá; đầu vào được kê theo hoá đơn đó.
Có nên tách mỗi công trình một mã số thuế phụ thuộc không?
Không cần thiết trong đa số trường hợp. Theo dõi theo mã công trình trên sổ kế toán là đủ để tập hợp chi phí; việc đăng ký đơn vị phụ thuộc là quyết định tổ chức, không phải công cụ để quản lý hoá đơn đầu vào.
Vật tư mua về dùng chung cho nhiều công trình thì kê khai thế nào?
Thuế đầu vào vẫn kê khai một lần theo hoá đơn, không phải chia theo công trình. Việc chia là của sổ giá thành: xuất kho cho công trình nào thì ghi chi phí công trình đó, có phiếu xuất và biên bản điều chuyển nếu chuyển vật tư giữa các công trường.
Kế toán dịch vụ bên ngoài làm theo quý có kịp không?
Được nếu doanh nghiệp khai theo quý, nhưng việc gom hoá đơn từ công trường vẫn nên làm theo tuần hoặc tháng. Người làm dịch vụ nhận hồ sơ đầy đủ theo tháng thì ít sót hơn nhiều so với nhận một thùng giấy cuối quý.
